ネット関連だと世界共通なのかなという意識があったのですが、それぞれお国柄もあったりと、事情は違うようですね。
とても参考になりました。(例えば、public_html直に指定されてしまう等)内容が私にとってはとても為になるものでしたので、自分のブログ内記事にリンク入れさせていただきました。

cPanelが優秀でないのはよく分かっています。ですから、私のサイトでもSharkSpaceの優れた点としてあげていません。ｗ　只、人気があるということです。何でもできるという点で。（本当に何でもできるわけではないですが、大抵のことはこなせます）ホスティング会社にとって、cPanelを採用していることはPRの一つですしね。

ちなみに、メインのドメインで使用されるファイル・ディレクトリーとサブドメインのディレクトリーが混ざってしまうのが嫌な場合、サブドメインのディレクトリーをpublic_html直下に置くのではなく更に一つディレクトリーを作成してその下にまとめておくという手もあります。例えば、public_html/subsiteというディレクトリーを作成し、サブドメインaaaのドキュメントルートはpublic_html/subsite/aaaに配置するという方法です。
まあ、これはToruさん向けと言うより、この記事をお読みになった方へのTipですが。（こちらからリンクさせていただきますのでｗ）

サブドメイン名とディレクトリー名は同じである必要はありません。

そこは勘違いしておりません。ただし、既に作成されているフォルダを指定する事ができない、に関しては勘違いしておりました。そのような注意書きが実際に管理画面で書かれていた記憶があったのですが、記憶違いのようでした。ご指摘ありがとうございます。

ただ、メインドメインがpublic_html直下から任意の場所に指定し直せないのは正直いってイヤですね。確かに通常の使用にはなんら障害はないと思います。WordPressも管理画面からアップデートしたり、プラグインをインストールしたりできるようになったので、FTPソフトを使う機会がへりましたし。しかし、フォルダ・ファイル管理の点からすると、WordPressの実行ディレクトリの中に別のWordPressやCMSの実行ディレクトリ、またはホームページのファイル、を入れておく事が気に入らないのです。今までさくらの１つのDBにごっちゃに色々突っこんでいたのを、複数のDBを作成してすっきりできるようになるのに、フォルダの方は逆に、ごっちゃに色々突っこまなきゃいけなくなるのが、僕的には許せないんです。

あと、cPanelがアメリカのホスティング会社でよく使われているのは、それが優秀だからではなく、結局そうした方がホスティング会社にとっては安く上がるからじゃないんでしょうか？もちろん、cPanelがその値段と機能のバランスがとれているから、でしょうが。僕はそちらの理由の方がメインだと思っています。使い勝手は人それぞれですからね。実際色々検索するとcPanelの使い勝手や、先ほどのメインドメインとpublic_htmlの件で不満をもってる人の記事等もひっかかりますし。

たぶん、これは勘違いしておられるのでないでしょうか。サブドメイン名とディレクトリー名は同じである必要はありません。サブドメイン名を登録されるときにドキュメントルートとしてどのディレクトリーを使用できるか設定できます。
ですから、メインに使用するドメインがpublicc_htm直下になってしまうというcPanelの仕様も通常はなんの障害にもならないと思いますよ。そうでなければ、cPanelがあちこちで使われる人気Ｎｏ．１の操作パネルになることは無かったでしょう。
私もcPanelをいじり始めた当初は使用感に戸惑いましたが、さわっていくうちに良くできた操作パネルだと思うように変わりました。さらに、cPanelを採用しているホスティング同士なら、引っ越しも簡単です。